Quand Louis XIV révoque l’Édit de Nantes en 1685, les pasteurs français ont le choix entre l’abjuration, l’exil ou la mort. Tous les temples de France (plusieurs centaines) sont détruits en quelques mois et l’organisation de l’Église réformée est décimée. Très vite des assemblées clandestines dirigées par des prédicants remplacent les cultes interdits.
Pour éviter les dérives prophétiques et redonner aux églises réformées des cadres et des structures, Antoine Court crée en 1729 le Séminaire de Lausanne à l’organisation duquel il contribuera fortement. Ce Séminaire forme les proposants, futurs pasteurs de l’église française. A l’origine, ces proposants sont envoyés clandestinement à Lausanne pour un an par le synode ; puis la durée des études passe à deux ans puis cinq ans après l’édit de tolérance de 1787.
Précurseur de la faculté de Théologie de Montauban qui le remplacera, ce séminaire a joué un rôle primordial dans la survie et le développement du protestantisme en France.